อนุภาคที่เล็กที่สุดของสารที่มีคุณสมบัติทางกายภาพ และทางเคมีของสารนั้น โมเลกุลมีอะตอม หนึ่ง ถ้าประกอบด้วยมากกว่าหนึ่งอะตอม อะตอมได้อย่างเดียว (เป็นโมเลกุลออกซิเจนมีออกซิเจนสองอะตอม) หรือแตกต่างกัน (โมเลกุลน้ำมีไฮโดรเจนอะตอมและออกซิเจนหนึ่งอะตอมสอง) โมเลกุลชีวภาพ โปรตีนและดีเอ็นเอ สามารถทำขึ้นได้จากหลายพันอะตอม