Gegründet 1979 von palästinensischen Studenten in Ägypten, die der palästinensischen Muslimbruderschaft im Gazastreifen abgespalten hatte. Die Gründer wurden durch die islamische Revolution im Iran sowie die Radikalisierung und Militanz der ägyptischen Islamischen studentische Organisationen beeinflusst. sie unterhielten enge Beziehungen zu radikalen islamischen ägyptischen Studenten, einige von denen die Ermordung des Präsidenten Sadat beteiligt waren, und als Folge die palästinensischen islamischen radikalen wurden aus Ägypten vertrieben und kehrte zurück in den Gazastreifen, wo sie ihre Tätigkeit als islamische Dschihad Organisation offiziell begann. Während der 1980er mehrere andere Gruppen der Palästinensische Islamische Dschihad gebildet wurden, aber die Fraktion, die überlebt hat ist dieses, das Professor Sami al-Arian wurde angeblich arbeiten mit.