JI wurde von 2 Indonesisch geistlichen Mitte der 1980er-Jahre gegründet wurde, eine terroristische Organisation als einer der Mitbegründer, Abdullah Sungkar, mit Osama bin Laden und al Qaida in Berührung kam. JI hat seit Verbreitung enthalten terroristische Zellen in jedem Land in Südost-Asien und Australien. Die wichtigsten Ziel der Organisation ist die Schaffung einer einheitlichen südostasiatischer islamischen Staat, der sie vom südlichen Thailand über die Malaiische Halbinsel, Singapur, umfassenden und auf dem indonesischen Archipel in den südlichen Philippinen Strecken wollen. Sind die meisten aktiven in Indonesien, Malaysia, Thailand und südlichen Inseln der Philippinen, wo sie behaupten zum Heiligen Krieg gegen Agenten der "Westlichen Imperialismus", und andere führen, ihre Bewegung zu widerstehen.

Derzeit von Kleriker Abu Bakar Bashir geleitet, die JI gilt als Verantwortliche für den Oktober 2002 Bombenanschläge in Bali, das Marriott Bombardierung im August 2003 und einer fehlgeschlagenen Attentat auf Bombe U.S. und israelische Botschaften und die britische und australische diplomatische Gebäude in Singapur im Dezember 2001.