V doménách systému Windows 2000 režim domény, ve které všechny domény jsou spuštěny řadiče v doméně systému Windows 2000 a správce domény přepnul režim práce domény z kombinovaného do nativního režimu. Nativní režim podporuje univerzální skupiny a vnořené skupiny. V nativním režimu, řadiče domény se systémem WindowsNT4.0 nebo dřívější nejsou podporovány. V doménách systému Windows Server 2003 nativní režim je označován jako "Systému Windows 2000 v nativním" a je to jeden ze tří dostupných funkčních úrovní domény.